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Seqüenzamentu Covid-19: L’Italia hè ultima in Europa

Seqüenzamentu Covid-19: L'Italia hè ultima in Europa

Ciò chì accade in Europa nantu à a sequenza di u virus. L'approfundimentu di Maria Scopece

Dapoi u 26 d'aprile, l'Italia hà da vultà à pocu à pocu à una vita nurmale. In questa fase, serà essenziale monitorà a diffusione di varianti per ùn esse pigliatu micca preparatu per quelli chì puderianu fughje e difese di u sistema immunitariu è abbassà l' efficacità di i vaccini . 

À a mità di ghjennaghju 2020, un gruppu di ricercatori cinesi è australiani hà publicatu prima a sequenza completa di quellu virus allora scunnisciutu chì causava un vastu focu di casi di pneumonia in a cità di Wuhan. Sars-CoV-2, cum'è tutti i virus, muta naturalmente parechje volte chì u numeru di infezioni cresce. Dapoi u principiu di a pandemia, ci sò dighjà più di 4.000 mutazioni chì affettanu a proteina spike di u virus in Dicembre. 

Per truvà nuove varianti hè dunque necessariu sequenzà a cumpusizione genetica di i campioni virali ottenuti da i tamponi pusitivi.

OMS: analizà almenu 5% di i tamponi 

L' Organizazioni Mundiali di a Salute , assemi à i Centri di i Stati Uniti è di l'Auropa per a Prevenzione è u Cuntrollu di e Malatie, anu stabilitu chì per rende efficace u prugramma di surviglianza genomica hè necessariu sequenzà almenu 5% di i novi casi rilevati ogni ghjornu cù testi diagnostichi. 

Danimarca è Regnu Unitu in prima linea di sequenziazione 

Sicondu i sperti in u campu, u Consorziu Britannicu COG-UK faci un travagliu fundamentale di sequenziazione genomica . L'installazione di u Regnu Unitu hà sequenziatu circa a metà di i più di 400.000 genomi SARS-CoV-2 archiviati in GISAID , una basa di dati in linea senza scopi di lucro per spartà i genomi virali. Circa 140 paesi di u mondu participanu à l'archiviu, a maiò parte anu caricatu solu un picculu numeru di sequenze. In Danimarca ci hè u Cunsortu Danese di Genomu Covid-19 chì ogni settimana publica un aghjurnamentu nantu à l'attività di sequenziazione è nantu à l'incidenza di e diverse varianti in i novi casi diagnosticati.

I numeri di sequenza in Europa 

Danimarca è u Regnu Unitu sò e nazioni chì cuntribuiscenu u più à a pupulazione di a basa di dati GISAID , l'archiviu mundiale di tutte e sequenze di tutti i virus di l'influenza è u coronavirus chì provoca COVID-19. Tra Settembre 2020 è 13 Ghjennaghju 2021, Danimarca , chì dirige u più grande numeru di investigazioni genetiche in l'Unione Europea, hà sequenziatu circa 15% di i casi diagnosticati, seguitu da u Regnu Unitu cù 5%, da Norvegia è da Finlandia cun 2%., Italia 0,034 %, appena menu di 0,044% di Francia è 0,061% di Germania. Tuttavia, l'iniziative di sorveglianza genomica britannica è danese sembranu uniche in u panorama europeu è forse sò per ragioni storiche è tradizione scientifica.

Italia: a Cinderella di sequenziamentu 

L'Italia, nant'à un numeru tutale di 834.274 sequenze dispunibili in GISAID finu à u 22 di marzu di u 2021, hà cuntribuitu 13.769 sequenze. U primu annu di a pandemia, u nostru paese avia sequenziatu appena più di 6.000 genomi. U nostru paese hè piazzatu assai bassu in u ranking mundiale : hè dopu à Bangladesh, Sri Lanka è Oman.

Cumu funziona a sequenziazione in Italia 

In Italia ci hè una spezia di cunsorziu spontaniu . L'analisi di e varianti hè realizatu da i laboratorii di e singole regioni , sottu a coordinazione di l' Istitutu Superiore di Sanità . À a fine di ghjennaghju, a Società di Virulugia hà annunziatu a creazione di un cunsorziu di monitoru . Tuttavia, a crisa di u guvernu Conte II hà lasciatu u prugettu in ghjocu. U ECDC raccomanda di sequenzà almenu 500 campioni scelti à casu ogni settimana in tuttu u paese. E priorità in u sequenziamentu sò: individui vaccinati contr'à SARS-CoV-2 chì si infettanu successivamente malgradu una risposta immune à a vaccina, contesti ad alto risicu, cume ospedali induve i pazienti immunocompromessi positivi di SARS-CoV-2 sò ospedalizati per un longu tempu, casi di reinfezzione è, finarmenti, u  individui chì ghjunghjenu da paesi cù una alta incidenza di varianti SARS-CoV-2. 

A mancanza di coordinazione centrale

"Ciò chì manca, però, hè una coordinazione centrale chì genera una rete di cumpetenze è un'analisi standardizata". Hè dettu da u genetistu di l' Università di Trieste Marco Gerdol . « L' Istitutu Superiore di Sanità prova à stimulà i laburatorii à fà u sequenziamentu. Avà i raporti seranu fatti di modu regulare, ma simu sempre luntanu da i prugrammi in altri paesi europei "cuntinua u pruf. Gerdol. Avemu bisognu di un prugramma seriu chì travaglia à mezu è longu andà è chì produci sinergie trà ospedali, università, settori publichi è privati. "In Italia averiamu bisognu di un cunsorziu strutturatu, prumossu da l'Istitutu Superiore di Sanità, per gestisce i dati di genomi virali è metadati di i pazienti – dice u pruf. Gerold -. U caricamentu di dati in GISAID deve naturalmente esse fattu da un bioinformaticu . In u casu di u Regnu Unitu, a carica hè fatta direttamente da l' Istitutu Sanger di Cambridge , chì coordina u cunsorziu britannicu ". U novu guvernu talianu hà recentemente riformatu a cumpusizione di u Cumitatu Tecnicu Scentificu . Tuttavia, ùn ci hè mancu una bioniformatica trà i novi membri.

Tigem, Campania Eccellenza italiana in sequenza 

D'appressu à e stime di l'Università di Padova, per fà una bona sequenziazione basterebbe à analizà qualchì centinaia di casi in Italia per ghjunghje à u scopu di 5% . "A data, a Campania hè l'unica regione chì riesce – cumenta u genetistu di l'Università di Trieste Marco Gerdol -. Si porta bè cù un prughjettu regiunale messu in opera apposta per l' emergenza Covid è guidatu da Tigem (Telethon Institute of Genetics and Medicine di Pozzuoli) grazia à una stima di 7 milioni d'euri da a Regione: hà cuminciatu à pruduce boni dati à partesi da Febbraiu. Se l'altre regioni s'avvicinessinu di sti livelli seria dighjà un fattu pusitivu ".

Abruzzo: primu in a classa in sequenza 

L'Abruzzo face ancu un bellu travagliu in sequenziazione. "Era unu di i primi à realizà a sequenza, cuntinua u genetistu Gerold -, hà scupertu i primi gruppi di a variante inglese in Italia è oghje prucessa ancu campioni da Umbria è Molise". In Dicembre 2020 , quattru campioni di tampone nasofaringeo Covid-positivi raccolti da i pazienti in Guardiagrele (Chieti) anu messu in risaltu l'arrivu di a variante inglese in Italia. Da tandu, hè diventatu a variante predominante in u Regnu Unitu , rispunsevule per un aumentu significativu di a trasmissibilità è di l'incidenza di ospedalizazioni in a seconda metà di Dicembre 2020. L' Istitutu Zoopropilatticu Sperimentale di l'Abruzzo è Molise hà ancu identificatu a variante brasiliana per esse trè tamponi nasofaringi di i viaghjatori riturnati da u Brasile. Siccomu a variante brasiliana hà una probabilità più bona di evade a risposta immune, u Ministeru di a Salute talianu hà pruibitu i voli cù u Brasile. "D'altri, invece, trattanu i dati da i genomi virali sporadicamente – cuntinua u Dr. Gerold -. Dapoi u principiu di a pandemia, a Lombardia hà cuntribuitu cù solu qualchì centinaia di genomi ".   

Questa hè una traduzzione automatica da a lingua italiana di un post publicatu in StartMag à l’URL https://www.startmag.it/sanita/sequenziamento-covid-19-italia-europa/ u Sat, 24 Apr 2021 07:04:19 +0000.